簡単にお話しますね。

現在、ベトナムのハノイに出張で来てます。
私は香港在住で、香港からベトナム航空でホーチミン経由でハノイに入りました。

ホーチミンからハノイは、ベトナム航空でしたが、空港にて乗り継ぎが4時間以上ありまして、
一度、外にでました。 ですので、入国審査と検疫を税関を通り、ホーチミンのスタッフと打ち合わせを空港でして、再度、チェックインをしてハノイに行きました。

ベトナムはハノイもホーチミンも何度も言ってますし、LCCなどで近隣国にも行ってます。
あなたの、予定されているLCCであれば十分間に合いますし、インターナショナルのフライトでその国に入るのは、ハノイになりますので、ハノイで入国審査、検疫、税関が必要になります。
ジェットスター国内線ですので、再度カウンターに行ってチェックいんされるという形になります。
3時間以上あるので、税関を出た所にプリペイドの携帯電話のベトナムのSIMカードも販売されてますので購入されたり、コーヒーでも飲まれて時間をつぶされてはどうでしょうか。