座席指定のみのオンラインチケットの発行形式は国によって違いますが、

DBでは座席のみの予約の場合、
乗車券と同じ形式（いわゆるバーコード付の）PDF形式のe-チケットは発行されません。
予約確認のメールが来るだけです。
それをプリントアウトし、乗車すればOKです。
当該の座席に○○～○○RESERVEDと表示されます。
それによって予約者の権利が確保されるのは、
個別の乗車券と指定席を込みで購入した場合と全く同じです。
もちろん、車掌が認めないことなどありえません。

一方、お隣のOEBBでは、
座席のみの予約でもバーコード付きPDF形式のe-チケットが添付メールで送られてきます。
こちらの場合はメール本文ではなく、PDFのプリントアウトがなければ無効です。

国（鉄道会社）によって違うので一見複雑に思えますが、
肝心なのはオンライン購入の段階で、指示された通り正確に手続きをすることです。
それさえきっちりとしていれば、相手からのレスポンスも正確に帰ってきます。
オンラインのやり取りと言うのはそういうものです。