18時までにチェックインするのが普通

若い人は(日本人の場合はいい年をした人でも)よくわかっていないようですが、海外ではホテルに午後６時までにチェックインするのが普通です。パリで１泊して翌朝アビニヨンに出発するのをお勧めします。

でも、もう予約してあるのですね。その場合は深夜到着になることを宿に前もって連絡しておきましょう。
アビニヨンの様子はmamoruさんが書いているとおりです。

中央駅近くにはセックスショップもありますが昼間はとくに怪しい感じはありませんでした。暗くなってからは外出しませんので、深夜の様子はわかりません。
旧市街の細い路地なら夜遅くはちょっと不安ですね。昼間はタクシーは中央駅バス乗り場(郵便局そば)にいましたが、深夜はわかりません。ＴＧＶ駅にタクシーがいたらそのタクシーを利用したほうが確実だと思います。