本当にパスを購入済みですか？

＞ユーレイルのセレクトパスを購入したのですが、
＞イタリアからドイツへ移動する際に通過する、オーストリアの分は、
＞別途、運賃が必要だと聞きました。

ユーレイルセレクトパスは、隣接する３～５カ国を選んで購入するものです。
イタリアとドイツは隣接していません。
しかも２カ国のセレクトパスはありません。
本当に、「ユーレイルセレクトパス」を購入したのか、質問の意図が分かりません。

文面から察すると、代理店に依頼したようにも読めますが、旅行地を正確に伝えていますか？

＞イタリアからからインスブルクへ向かい、そこで電車を乗り換えムルナウへと向かう予定

ならば、イタリア＋オーストリア＋ドイツのセレクトパスを購入すればすむはず。
そもそも、パスなど必要ないと思いますが。