以前から手数料は必要だったはずです。

ESTA以前からも、入国に際してI-94Wの発行手数料は必要だったはずです。
空路海路であれば、チケット発券の際にその料金がすでに含まれているため、
隠れて見えなかっただけのことだろうと思われます。
ESTAの分だけお金がかかるといえばそうなのですが、
入国の時に有効なESTAがあればいいので
（ESTAのページで確認しましたが滞在期間中に有効期限が切れても構わないそうです）
気になられるということであれば、次回渡米されるときに新規登録、
でよいのではないでしょうか。