私も分かる範囲だけ、書きますね。

私も分かる範囲（イベリア半島内）だけお答えしようと思います。

１）イベリア半島内についてですが、秋から冬にかけてのダイヤ改正で
格段に時間が変更になった記憶はありません。
ただ、直前にもう一度時刻表を調べてみたら
短時間のズレがあったりしたことはありました。
（現地に行ってみたら、ストで列車が止まっていたことは多々ありますし）
なので、今は夏のダイヤで予定を組んでおき、
直前になったら調べ直してスケジュールの微調整されるのがいちばんです。

２）TGVではありませんが国際寝台列車「ルシタニア」で
個室寝台を希望される場合は数週間前には満席になっていることもあります。
寝台がついていない座席でしたら、現地購入で大丈夫でしょう。

７）チケット売り場が開く8：30にはすでに行列ができていると思いますから
遅くとも開館30分前には到着した方がいいでしょうね。
ただ当日券ですと、希望する時間帯のチケットが売り切れていることもあります。
こうして具体的な日程が決まっているなら、オンライン購入をお勧めします。
（私の場合、６月初旬のアルハンブラ訪問でしたが、
２ヵ月前にチケットを購入する際、すでに売り切れになっている回もありました）

８）女性２人旅で大きめスーツケースで移動するのは、結構骨が折れると思います。
最初にポルトガルを旅したときにスーツケースを持っていったのですが
列車へスーツケースを積み込むときにプラットホームから車両へ上がるのに
列車についている細い階段を上がらねばならず、大変でした。

男性客やそばに居た駅員が助けてくれたこともありましたが、
いつも親切な人が居るとは限らないですしね・・・。
この旅行以来、機内持ち込みサイズの小さなキャリーバッグを
持ち歩くようになりました。（１ヵ月の旅でも、１週間の旅でもこれで行ってます）
尚、お土産用には肩にかけられるカバンを用意していき、
荷物が多くなってくるとこのカバンを使うようにしています。

あともう一つ・・・ポルトガルではCPのストがしょっちゅう行われているので
最悪の場合を考えて、列車を使わずに移動する方法も
視野に入れておいた方がいいと思います。

お勧めの宿などについては、また思いついたら書き込みします！