飛行機の場合ですが、

タイからでも、ベトナムからでも、チェックインの際に予約済みフィリピン出国チケットの提示を求められました。船での入国の場合も入管制度は一緒だと思うのですが？？


ビザが有れば大丈夫だとは思いますが、そのビザを申請する時に出国交通手段がいるのでは？
http://tokyo.philembassy.net/ja/consular-section/services/visa-authentication/temporary-visitors-visa/visa-for-japanese-nationals/