経験では。

２０１２年５月から６月にかけて、シンガポールからマカオまでバスで各地をまわりながら移動しました。
その最中に、クアラルンプールからバンコクへ。
時間をかけて観光地をまわられるならバスですが、それ以外は、飛行機か鉄道をオススメします。
KLセントラルでチケットは購入出来ます。
ネットでもチケットは購入可能だったと思います。（私自身は経験がないので）
ここ数年、タイ南部でいろいろ事件が発生しておりますが、南部以外でもバンコク市内でも事件は起こっています。
バンコクだから安全、南部だから危険という事は言えないと思います。
実際、ハジャイとかは下町風景で私的にはオススメな土地です。何処の都市でも危険な所はありますし、夜間に一人歩きは危険度が増します。旅に安全はありませんが、リスクを下げる事は出来ると思います。