悩むことはありません、3日滞在なら両方行けばよいのでは

エルサレム一泊、ペトラ一泊のスケジュールで如何ですか。
拙い経験からですが駆け足になります。
移動の時間を如何に短くするかですが大した金額でもないので
セルビスを使ったほうがよいかも、場合によっては一人乗車。