LCCとFSAとを一緒に取ろうとしても

それぞれのシステムは異なるので、
同じ予約記録にはならないはずです。

さらに、PAR-BERをFSAにしても、
一般的な航空券（ノーマル以外の割引きと言っても良い）
では、TKO-LON PAR-BER BER-XXX（直行便がない）-TKOと
言うルートをカバーできないので、ノーマル航空券
（だけではないのですが、面倒なのでそうします）に
なってしまい、恐らく100万円近いほうの
”高い”価格になるでしょう。ただし、expediaは
安い価格を単に繋げるだけなので、実際には
20万円程度でおさえられるはず。

安くあげる基本は、日本からは欧州往復の航空券と
欧州内単純往復の航空券（FSAではまだ片道は高いのが
多いので）か、LCCと使った片道航空券を別途購入する
ことです。

この場合、日本/欧州往復と欧州内移動とは全く別々の
予約となることにご注意。これを同じにしようとすると
途轍もなく高くなってしまいます。日本便との同日接続には
別々の予約は危険ですが、日が異なればまず大丈夫なので、
別々で安く済ませるのが賢い方法。

アライアンスを使う航空券も確かに存在しますが、これも
日本との単純往復に比べ、格段に高くなり、買えるのはビジネス客くらい
になるでしょう（要するに自腹を切らない）。例外は、ワンワールドなら
Visit Europe PASSなどの最低区間が決まっているパス。これも、
実際は使い勝手が良くなく、しかもワンワールドは欧州エアラインが
不足していて（漸くABが参入）、価格も決して安くはないので、
多分使うことはないでしょう。他の二つなら、場合にによっては
使えるのですが。

各論ですが、羽田なら、ANAで往路をロンドン、
復路をBER-FRA-HNDが便利（BER-FRAはLH）。BAでHND-LHR LHR-CDG
TXL-LHR LHR-HNDも可能。JALでもBAかAYを使って可能です。
上記ルートなら、PAR-BER間をLCCで飛ぶことになるでしょう。
AB（エアーベルリン）は最近、料金体系を変えたので、
選ぶときには価格だけでなく、全体像をみるようにすべき
です。この区間にはEASYJETも飛ばしています。

日系または欧州系（訪問都市からはNH JL BA LH AF)が第一に考えられますが、
アジアや中東のエアラインも使えます。
QRはベルリンに就航しているし。また、ドイツ国内、場合によっては近隣国は
ICEで結ばれているので、ベルリンからは陸路で日本と直接繋がっている空港に
向かうことも可能です。ベルリンからフランクフルト空港までは4時間強、
アムステルダム空港までも6時間半です。

実際、多くのアジア便が就航している、LHRとFRAとの所謂オープンジョーに
して、後は、LCCなり鉄道で繋いでしまえば良いのです。