プラハ→ブダペストだと５ヶ国パスに。ウイーン経由なら４国の５日パスでOKです。

５日パスでOKですが、旅程だと。ブラチスラバなどスロバキアを通るので５ヶ国パスとなりますね。
プラハ→ウイーン乗換えブダペストなら４国でOKですが。

プラハに５日も取っていますが、何は特別な理由でもありますか。市内だけなら通常２日、多くても３日でいいような気もしますが。

ハプスブルク帝国時代、帝都ウイーンに対し、ブダペスト、プラハは副首都格でしたから、ウイーンの見どころはこの２都を足したくらいあります。ウイーン４泊(実質丸２日)、プラハ３泊(実質丸２日)、ブダペスト２泊(実質丸２日可)の比率のほうが妥当な気がします。そしてパス利用日は単なる２地点間の移動ではもったいないです。

朝早くの列車でチェスケブジヨビツ乗り換え世界遺産チェスキークルムロフ(プラハと同じくらい人気があります)に行き、散策、夜ウイーン着、泊も可能です。

例えばウイーンを２回に分け、ウイーン２、ブダペスト２泊、ウイーン２泊とした場合、ウイーンからミュンヘン移動日にザルツブルクで途中下車、半日観光とします。

これで５日パスで７都市回れることに。

ミュンヘンからフランクはロマンチック街道の華で日本人にはドイツで最も人気がある(２人に１人訪れる)ローテンブルクで途中下車し、半日観光、フランク泊がいいかも。

この場合、ミュンヘンは泊まるだけになりますが、アルテピナコーテークやドイツ博物館が目的でなければ、それでもいいかも。

もしミュンヘン優先ならザルツブルク途中下車はなしで、ウイーンからミュンヘンに直行。午後はミュンヘン観光に。

帰国前日ですが、もし、夕方のフライトなら、フランク泊でなくハイデルベルク泊にして午前に散策。列車で１時間のフランクへがいいかと。

フランクはたいしても見るところなく、ハイデルベルクは、ライン下りやロマンチック街道と並んで、旧西ドイツ内では３大観光地だったからです。

これで５日パスで８都市周遊できることになります。
ウイーンは４泊で￥もあるのに丸２日になるのは前半は夜着、丸１日観光、朝発、昼前ブダペスト着、後半が昼ブダペスト発(これでブダペストは丸２日に)夕方ウイーン着、丸１日観光、朝ウイーン発だからです。

このプランで行くと、３都に各２日、チェスキークルムロフ、ザルツブルクかミュンヘン、ローテンブルク、ハイデルベルクに各半日、あとは移動となります。

もし、ウイーンにもっといたい場合はクルムロフ・カット(プラハからウイーン直行)で２日半滞在可です。

検索などをしてご検討してみて下さい。