ルールですから

いわゆるパック旅行では申し込まれた旅行会社にJF必要かどうか確認するしかないと思います。ホテル側はツインの部屋でもチエックイン時に単独だとそういうルールだとかいろいろあるようです。私はそういう経験が無いのでわかりませんが何度も行かれているのであればご自身でタイの代理店経由でホテル予約され　事前によく確認されて不愉快な思いしないのがいいではないでしょうか。
私は使ったことありませんが　ホームページでそういうことを詳しく説明している代理店もあります。パタヤが主ですがバンコクのホテルについても詳しい説明があります。
http://ptty.loxinfo.co.th/~akagi/bangkokhotel.htm

マンハッタンについても詳しく書いてあります。
マンダリンは500Bという記述もあります。参考まで