UAしか分からないのですが。

UAの場合ですと、例えば、行きのサンフランシスコ便が欠航などになっても、成田でLAX経由や次のサンフランシスコ便などにアレンジができるので、AA等よりも安心感があります。

アメリカ入国の際ですが、西海岸は比較的楽に入国できると思います。
荷物の預け直しも、LAXなら税関出ると直ぐに預ける場所があるので、そこに荷物を渡せばおしまいです。
ただ、セキュリティチェックは再度受けないといけないので、これはどの航空会社でも一緒です。
ただ、SFOでもLAXでも、メキシコ方面のチェックインは既に成田で終わっているので、ちょっと急ぎますが、1時間あれば大丈夫だと思います。
駄目なときには、入国審査のところにUAの係員がいますので、必ず声を掛けましょう。

料金ですが、LAまでSQなどの航空会社を使い、LAからUAに乗換えなども安いのではないでしょうか?
もちろんチケットは別々に購入する形になりますが、LAからのメキシコシティ行きは、UAのサイトでも260ドルぐらいです。

マイレージですが、今後の旅行のことも考えると、UAでマイレージを新規で入会し、UAで貯めた方が使い勝手が良いです。
UAなら、SQも含めアジア系の提携会社も豊富ですし、国内では全日空が提携先なので、マイルの加算も利用もAAより使えます。