私は全部列車+バスでしたが、空路利用で希望３ヶ所網羅可かと

ほぼ同じコースを旅しましたので、参考になるかも。すべて個人旅行、フフホトからは大草原ツアーで知り合った日本人女子大生との３人旅でした。

列車で北京、大同(泊)、フフホト(連泊して、大草原ツアー)、夜行　蘭州泊、夜行、酒泉泊(嘉よく関観光)、バスで敦煌、泊、夜行トルファンでした。

トピ主さんの場合初日に北京からフフホトに飛べれば、全部陸路で敦煌着が７日目になり、敦煌の鳴砂山の砂漠を見て８日目のフライトで北京でギリギリですね。８日間くらいということで９日(１０日も？)も可のようですので。
蘭州から敦煌に飛ぶことで３泊節約できるので、敦煌からは夜行、トルファン泊、ウルムチまでバスで出て空路北京なら
大平原、砂漠、異国情緒が８日か９日ほどで堪能できます。

北京～フフホト、蘭州～敦煌、ウルムチ～北京のフライトの確保を最優先かと。