企画切符をご利用だったのですよね。（料金表示の無い指定券を変更？）

横から失礼します。お気持ちを心よりお察しいたします。

JR各社は同じマルスを使用してますから、やろうとすればできます。しかし、回数券を含む企画切符の場合、取扱箇所がJR東日本管内に限られ、JR北海道のみならずJR他社ではできません。切符あるいはお持ちの書類に「指定席をご利用の際は、以下の場所で座席の指定をお受けください。JR東日本：主な駅の指定席券売機、みどりの窓口、びゅうプラザ」と書かれてはないでしょうか。企画切符ではない新幹線特急券の指定席変更であれば、JR東日本管内で東海道新幹線の指定券変更ができるように可能だったかもしれません。

サービスの観点からはJR東日本がJR北海道に正式に企画切符の指定券変更の取扱を手数料が発生しても依頼すれば可能になるでしょう。

本文でおっしゃられるように国鉄時代なら、あるいは民営化直後なら可能でした。ただし、横柄な態度の国鉄マンが対応に当たることになりましたが。

今回の場合は青森で変更している時間が無いわけですから、駅長か助役を呼んで事情を説明してお願いすれば、ひょっとしたら可能だったかもしれません。JR北海道にとっては手間、切符の紙代、インク代のみの負担になるだけですから。