先日、同じような経験をしました。

ドブロブニクからザグレブに国内線で飛び、ザグレブ空港に7:50くらいに着きました。
バゲージクレームで荷物を取ってから国際線のカウンターでチェックインして、その国際線は9:10くらいの出発・・・というトランジットを行いました。所要時間は80分間しかなかったです。

事前に航空会社に問い合わせたら、「小さい空港だから大丈夫」と言われました。
そして当日、本当に大丈夫でした。結構余裕でした。