おっしゃるとおりです

横から失礼します。

常識的な疑問であり、ご理解に異論の余地はないかと思います。振替えられるにしても、次の便もその次の便も満席なら何時間も待たなければいけませんし、仮に宿泊先を用意されても最悪翌日になることも可能性としてはありえます。

もちろん、人それぞれの価値観で、そのような前提があったとしても、MCT内の便に結果的に間に合う到着した際、それの乗れないで次の予約便まで待つほうが精神衛生上つらい方であれば、MCT内の一番早い便に予約を入れるのが良いのかもしれません。

あるいは、便ごとの予約状況とそのルートの通常のロードファクターを知る術がある、例えば該当航空会社でそういうことを知りえる友人がいて、予約便に乗り継げない場合でもかなり高い確率で次の便に乗れることがわかる状況なら別ですが、一般論としてはご指摘になる預け入れ荷物の件も含め、よほどの理由が無い限り余裕のある予約を入れるのが賢明かと存じます。