公共交通機関を使うと

まーもっとさんが張ってらっしゃる下のリンクで調べてみました。

【平日】なら、

プラハ３のFlora駅から地下鉄A線（4：52発）→終点Dejvicka（5：04着）

Dejvickaから119番のバス（5：08、5：18発）で、空港まで約20分です。

後のバスになったとしても、空港着は5：40。
国内線扱いのフライトなら、間に合うと思います。


もっと早い時間帯だと、トラム51がFloraとDejvickaを結んでいるようです。夜間専用の路線でしょうか。
所要は約40分と長いですが、Dejvickaで、より早いバスに接続可能です。

Flora　3：57のトラム51は、Dejvicka　4：38着。
これなら、Dejvicka　4：58発のバス119番に乗り継げます（平日の話）。


料金は、地下鉄・バスは各24Kc（乗換用の割引切符があるのかも）、夜間トラムは32Kcらしいです。