まずどういうふうに航空券を購入したか

を明記ください。

　これまでの投稿では帰りの便のことしか書かれていませんが、ご旅行は日本から出発して日本に帰って着くるのですよね。
　その場合、日本発着はトルコ航空なわけですが、日本を出て日本に帰るまでの航空券を手配したら一部分がクロアチア航空が運航している便だっただけで、航空券としては全部とおしになっているのでしょうか？
　それともトルコ航空の分とクロアチア航空の分を別々に買ったのでしょうか？


＜航空券を通しで購入した場合＞
　往路・復路とも続けて乗る部分は最終目的地まで預け入れ荷物は通しで運ばれます。出発空港のチェックインカウンターで預けた荷物を次に目にするのは日本の空港のバゲージクレームです。
　一方、搭乗券が出発空港で全て発行されるかはわかりません。発行されなかった場合は先に書いたとおりです。

＜航空券を別々に購入した場合＞
　復路で荷物を日本まで通しに出来るかはクロアチア航空に聞いてみましょう。たぶん通しに出来ると思いますが。

●その１（預け入れ荷物を通しに出来る場合）
　荷物は出発空港から日本まで通しになりますが、人のチェックインはそうは行きません。出発空港でチェックインできるのはクロアチア航空分。トルコ航空分はイスタンブール空港の乗り継ぎカウンターでチェックインします。
●その２（預け入れ荷物を通しに出来ない場合
　この場合はクロアチア航空分とトルコ航空分を全く別個に手続きします。
　出発空港ではクロアチア航空分（イスタンブールまで）をチェックインし、イスタンブール空港で入国審査をしてバケージクレームで預け入れ荷物を受け取り到着ロビーに出ます。
　そして出発ロビーに回りトルコ航空のチェックインをして荷物を預け出向審査をします。