迷うことなくウィーンです

プラハは狭く1日でも観光可能です。1日半ならゆっくり、2日なら完璧かと。
一方、ウィーンはプラハやブダペストも含んだハプスブルク帝国の帝都だっただけに、その２都を合わせたくらいの膨大な見どころがあります。
これに匹敵するのは欧州ではローマ、パリ、イスタンブール、サンクトペテルブルク、ロンドンくらいでしょう。
最低2,3日でできれば京都のように1週間が理想です。

よって、ウィーンを3泊が正解かと。