のりかえは必要ですが、バスはあるようです。

ダルマチア地域のバス会社
アウトトランスのページでザグレブ行きを検索、
http://www.autotrans.hr/Home.aspx?PageID=11

ザグレブベースのバス会社
クロアチアバスのページでプリトヴィツェ行きを検索
http://www.croatiabus.hr/english/index.php

両方の接点で乗り継げばよいと思います。

接続がよくないようでしたら、
逆回りや、
予算に余裕があるなら、空海の手段を使うのも手でしょう。

※プリトヴィツェ行きのバスの終点はスプリトですので、
　飛行機でザグレブに戻れます(5千円しないです)し、
　船で北上することもできます。