皆さんからお返事ついてるので…

お返事遅くなりました。
他の皆さんが回答してくださっているので…
私のほうは補足として、SFO（サンフランシスコ国際空港）のページで
大まかな手順の説明が記載してあるところを見つけましたので
下に貼っておきます。

http://www.flysfo.com/web/page/orphan/arr-dep/index.html

JALによれば（HPに記載があります）ワンワールド加盟の航空会社であれば、
出発地（カンクン）でJL001便まで通しで荷物タグは付けてもらえるので、
その場合は、通関後、Connecting Flightsの入口からでてすぐに
再預けカウンターがあるはずですので、そこで預けてしまってください。
カンクンで羽田までのタグをつけてもらっているかどうか、しっかり確認してくださいね。
もしサンフランシスコまでであれば、結局はサンフランシスコで
再度チェックイン手続きが必要になってしまいます。
カンクンでサンフランシスコまでになっているようであれば、その場で申し出てみてください。
（もし無理といわれたら…そのときは再度サンフランシスコで出発カウンターに並ぶことが必要です）

サンフランシスコ市内までは、別の方も書かれていましたがBARTで行くのが便利です。
BARTの駅は国際線ターミナルの出発ロビー、コンコースG（UAのカウンターがある方です）の端にあります。
ロビーに直結しています。

どこに行かれるかにもよりますが、ユニオンスクエア周辺ならPowell駅まで。
フィッシャーマンズワーフは、Powellのところからケーブルカーに乗れますが、
曜日（特に週末）と時間帯によっては1～2時間待ちくらいになったりするので、
2つ先のEmbarcaderoまで行って路面電車F線にのるか、
海を見るだけなら、歩いてフェリービルディングに行くか、でしょうか。
たしか土曜日であればマーケットをやっています。
ただ、おそらく、行ってすぐ引き返す感じになると思いますが…時間には気をつけてくださいね。