Re: オーストリア航空のドブロブニクからウィーン乗り継ぎの帰国便について

ご存知と思いますが、航空券には、人の運賃と荷物の運送料が含まれています。
またこの２つは原則同じ行程によるものとされています。
したがって人がストップオーバーするときは当然荷物もストップオーバ扱いをされます。
もちろん実際の運用として、荷物はスルーで人だけがストップオーバーする扱いをしてくれないといっているわけではありませんが。

それはともかく、ご質問のケースはそもそも人もストップオーバー扱いではないようです。（ウイーンに２４時間以上滞在するようになっていませんから。）
こういったケースの場合、ＤＢＶでチェックインをするとき、荷物は日本までスルーで運んでもらえると考えられます。通常は航空会社から預ける荷物はどこまで、と聞かれますのでご希望の方を（ウイーンまでとか，日本までとか）伝えればよいと思います。荷物の行き先は、航空券の効力の範囲内であれば、任意に決めることができますから、もし何も言われない場合は、こちらから言うようにすればよいと思います。
このようなケースにかかわらず、荷物の行き先がどこになっているかは、常に確認しておくことは基本だと思いますが。
もしＤＢＶ出発前に購入したものの免税手続きが必要な場合で預ける荷物に入れて日本まで送ってしまいたい、というときはＤＢＶで手続きをする必要がでてきます。その後ウイーンで購入したものや、手に持って行くものについてはＶＩＥで手続きできます。（原則係員の求めがあったときは、現物を提示する必要があるからです）もちろんよくご存知でしょうから、蛇足でしょうが。