Re: 座席もったいないですね。。。

確認したわけでない私見ですので、参考程度にご覧ください。

予約に関して

実は日本でも必ずしもすべての駅間で予約をしているのではありません。
氷河急行の予約システムがどうなっているのか知りませんので途中までの予約でも全行程予約済みの扱いになっているかも知れませんが、そうでないかも知れません．車中あるいは事前に駅などで相談する際、アンデルマットからは無理でも途中のディセンティス（鉄道会社が変わる駅）とかクール（ある程度乗降がありそうな駅）からでも少しはまとまった席にならないか、というような聞き方をすれば、可能性は高まるような気がします。

乗り継ぎに関して

アンデルマットまでの列車と氷河急行は必ずしも接続を前提にしていないダイヤ編成になっているようですが，実際に乗り継ぎ客が多く利用するであろうことは、氷河急行側でも認識していると思われます。したがって時刻表上は短い時間しかなくても、普通に乗り換える時間はあると思っていいと思います。のんびり乗り換えるのは論外ですが、普通に急げば（変な言い方ですが）乗り換えは可能なようがします。
前にも述べたと思いますが、氷河急行は「急行列車」でなく観光列車です。基本的な考え方が、時刻厳守よりは乗客優先になっていると考えられますので。（もちろん待つにしても限度はありますが）

荷物に関して

計画されている行程だと乗り継ぎが多くなるようですね。もともと２回乗り継ぎは必然のコースなのですが、乗り継ぎに荷物はやはり邪魔もののような気がします。
制度や、現地事情は知りませんが、コモから国境駅のキアッソまで鉄道で３分くらいの近い距離のようです。
キップの利用開始前でも荷物がおくれるのであれば、前前日に列車、タクシーでキアッソまで行き預けてしまわれたほうが楽になるような気がいたします。そのための交通費はそれほどかからないのではないでしょうか。

以上参考にでもしていただければと思います。