大都市を避ければいいかと

それなら、インターレイルでいいかと。
東欧の大都市の治安はイマイチですが、地方の小さな町は問題ないかと。

プラハやブダペストはかかせませんが、ブカレスト、ワルシャワ（旧市街だけ２時間滞在程度にする）はスルーでもいいかと。

街中や駅周辺でのひったくり、すりなどが多いのでYHとホテルは余り関係ない気がします。
安ホテルのほうがYHより、イマイチというみかたも。