理解不足だなんていっていませんよ！

1　失礼に当たるというのは、知っている人に対して、くどくどと説明することが失礼に当たることがあるという意味です。
座席の事前予約はできないことは知っているが、足を怪我して曲げることができない、何とか足を伸ばしたまま座れる席にしてもらえないか、という質問に対し、事前予約の意味から、事前予約制を取っていないことをくどくど説明されたって、そんなことはわかっているが、こちらは怪我をして足が曲げられない事情があるのだからどうにかならないかきいているのだ。と感じると思いませんか。そのような対応の仕方が失礼になるというものです。言葉の中に「前にも述べたように」とか「先ほどの説明のとおり」などという言葉を入れると、聞いているほうが、自分に理解力がない、知識がないと言っている、と思われてしまうことがあるので失礼に当たる恐れがあるということです。

2　「Ｓの予約クラスはできません」的な回答は１回目の返答メールに入っていますでしょ。
「エコノミークラスではできません」って。
普通の客は予約クラスって何のことだか知りませんよ。エコノミークラスとビジネスクラスは違いがあるのはわかっているでしょうから、そのエコノミークラスの席を予約した人は、事前予約できません。といわれれば全員理解できるでしょうが、Ｓの予約クラスといわれてる、自分の予約クラスがＳなのかＭなのかわからない人が大部分ではないでしょうか。私もよくわからないのですが、予約するときエコノミークラスの席という指定はすると思いますが、あわせてＳの予約クラスでと指定するものなのですか？
私の理解では、予約クラスというのは，航空会社が予約を受けるとき，同じエコノミーの席でもいろいろな条件で予約されてくるので、それをあらかじめ、たとえばネット予約の客の予約クラスはＳ、団体での予約客はＰ、提携航空会社で予約した分はＱというようにあらかじめ決めておいた予約クラスを当てはめているものだと思っているのですが違うのでしょうか。予約クラスが私の思っているようなものとすると、通常の予約に関する質問の回答に予約クラスが出てくるほうがおかしく、エコノミークラスとかネット予約をしたお客様とか、質問者がわかる範囲で回答するのは普通のことだと思いますが。もちろん、この予約クラスというのが特典マイルにもかかわっているのは存じていますから、それに関する質問でしたら、Ｓクラスの場合マイルは付きません。のような回答があってもおかしくはないと思いますが。

3　この回答は単に私の考えを述べただけのもので、「緑猫丸子』サンたちのように「５万回の経験に基づくものだから、間違えない。あなたの考えは間違っている』、なんていっているわけではありません。何しろ航空座席の事前予約なんて1回（1往復分）しかしたことがありませんから。
ただ、他の回答者さんを誤解しているようなレスがあったのでちょっと気になって回答してみただけですから。

4　感じ方は人さまざまですから、それぞれ感じたことを質問、回答していると思っています。それに対して、理解不足だとかおかしいという気はさらさらありませんので誤解なきよう願います。
なお、私は、この航空会社の職員の応答としてはメールを送った人より電話で回答した人のほうが、より問題があると思っています。問い合わせに対し、きちんと調べる（会社として、事前座席予約をしないと決めているのはどういう場合か、ということは簡単に調べられると思うので）こともせずに回答している点においてですが。