全部車で回る 方が、経済的にも時間的にも効率はいいでしょう。イタリアのレンタカーは他国比少し高いですが、それでもまとまった日にちで借りた方が安いですよね。もし、運転者が一人だけならちょっと大変かも知れませんが、12〜3日もあるので毎日少しずつ移動すれば何とかなるかと。また、ベルニナ線は Pontresinaから往復乗車（Tiranoで不味いかも知れないパスタを食べてくるのも一興）するかあるいは運転者一人が我慢する（一人車で移動）で対応できるかと。 5人＋荷物だと車種は Intermediate以上になりますよね。いきなりドロミテでは少々取り回しに気を使うのではないかと思います。マルペンサに着くのなら当日中に湖水地方（Stresaとか）まで行き、そこから旅行開始がよろしいかと。おおまかには、 湖水地方とイタリア・アルプス ＝（峠としては Malojaの方が面白いかも）⇒ オーバーエンガディン地方 ＝（この間の経路はやや迷うところ）⇒ ザルツカンマーグート ＝（Großglockner Hochalpenstraße）⇒ ドロミテ ⇒ ガルダ湖畔（Sirmione）⇒ ミラノ こんな感じでどうでしょう？運転に慣れたころにドロミテ入りするのでいいのではないかと思います。 しかし、現地12泊とは羨ましい限りです。
確かに 全部レンタカーが一番効率がいいとおもいますが、（人数もいるし）、小学１年生の電車男がいるので、できれば鉄道がいいのと、運転も、英語圏でないところは初めてで自信がありませんので、なるべく電車希望です。。。。 ベルニナ線往復はナイスアイディアですね。（やっぱりお金も２倍かかりますよね？） ドロミテの運転は湖水地方より難しいのですか？
欧州は列車が最も速くて便利 とは断言できませんが、家族5人で荷物を持って列車・バスの乗り換えにウロウロするのも些か疲れるかと。 前半の湖水地方（イタリア・アルプス）とエンガディン地方を含むスイスは鉄道三昧にして、一度イタリアに戻り車を借りだし、ザルツカンマーグートとドロミテはひとまとめにしてレンタカーでの旅行にされたらよろしいのではないかと思います。スイスの鉄道にはベルニナ線以外にも多数見どころがあり、今回の旅程でいくと同じくRhätische Bahnの Bergün-Preda間の連続ループや FART（Centovalli鉄道）などが乗ってみる価値ありです。鉄道がお好きなら Luzernの交通博物館もいいですよ。ザルツカンマーグートではSchafbergBahnもお忘れなく。 ドロミテの運転は行く場所にもよりますが、特に峠越えなどイタリア湖水地方やスイスよりは道が狭くやや難度が高いかも知れません。が、すれ違えないほどではなく、右側通行に慣れてしまえばそう問題はないかと思います。現地の人は速いので、自分のペースを守って運転して下さい。小生など地元のおばちゃんにもよく抜かれます。 実は、小生も鉄ヲタの一種でして（乗るだけですが）、一人で旅行するときはひたすら列車にのってました。当掲示板のハンドルネームも以前は Bernina Expressと称しておりました。ただ、やはり車での移動は便利で、英国で保存鉄道巡りをするときなど、（皮肉なことに）車がないと効率が悪くて困ります。
補足 上記の場合、到着日に空港で車を借ります。返却はミラノに用事があれば帰国前日ミラノ市内で(*)、なければ帰国当日再び空港へ返すのが楽でしょう。 (*) ミラノ市内の運転に自信がなければ、Linate空港に返すといいです。
