全部列車で。ミラノには泊らずベネチア泊がベターかと

ミラノは最後の晩餐を見るのでなければ、ブランドショッピングくらいです。
パスしてヴェネチア直行ならナポリの２泊できます。
ミラノも泊る場合、ローマ、ナポリを２泊とするといいかと。
アマルフィとポンペイだとナポリ２泊がベターです。うち１泊をローマ泊でも可能ですが。
ベネチア、フィレンツエは１泊でもいいかと。
フィレンツエからナポリへはやはり列車が便利です。AVIで３時間１０分です。