日帰りであれば早朝深夜ですし、送迎付きが往復であれば、その方がよろしいのではないかと

日帰り観光であれば朝早い便で行って、到着が夜遅くなるかもしれません。
フライトの都合で遅れることもありえます。
となると、自力でも往復タクシーということになり、５０００円では足りないでしょう。

送迎ということであれば、万一交通渋滞などでフライトに間に合わなくてもツアーの責任になると思いますが、現地集合に間に合わなければ参加者の責任ですね。
ＪＦＫは、問題がなければ１時間足らずの場所ですが、何かあったら結構遠い場所です。
そのあたりと、お帰りの時間帯などを考えると送迎付きにした方がよい場合が多いのではないかと思います。

夜遅くでも、ばりばりに地下鉄で移動可能な方は、もちろん自力でかまいません。