フランスでレイルパスは使い難い

ＴＧＶを日本でパスホルダー料金での予約は、旅行代理店で行うしか手段はないと思います。仰せのとおり高額になります。
€３で予約するためには現地で行うしかないと思います。しかしながらＴＧＶのパスホルダー席は少ないようで、希望の列車がとれないことも多々あります。現在旅行中の方のレポートを見ましたが、ＴＧＶの予約で苦労（翌日の夕方まで満席で、行き先変更を余儀なくされた）されています。

希望の列車を確実に押さえたければ、旅行代理店を利用するしかないでしょう。
現地予約の場合は、早めに切符売場に行くようにし、あらかじめ複数の選択肢（第一希望、第二希望…）を考えておくようにしましょう。
また、希望の列車にどうしても乗りたいときは、立席券がありますのでそれを覚悟するかです。ただし、昔レイルパスで立席乗車したことがありますが、現在も可能かは確認できません。

パスを利用せずにＴＧＶのWEBサイトから切符を買った方がよかったのではないかと思います。出発前に席の確保ができ安心できるし、制限つき割引切符であればレイルパスより安いことが多いです。フランスやスペインなど主要列車が要予約の国でも、ネットによるパスホルダー席の予約ができるようになると、レイルパスも利用しやすくなるのですが。