可能です

「マチュピチュ」と「ウユニ塩湖」を見るという２つの目的を達するだけなら、
２週間あれば十分に回れます。
中途、チチカカ湖に立ち寄ったり、ラパスでフォルクローレ音楽を楽しむ時間も
とれると思います。

現地移動を陸路にするか、空路で一部短縮するか、などの選択肢のとりようですね。

時期的には、ウユニ塩湖の風情で決められてはいかがでしょうか。
乾季の７～９月はもっとも旅をしやすい時期です。
一方、水鏡状の幻想的な風景が楽しめるのは１～３月、の限られた時期ですが
とくにボリビア国内の交通に影響がでるおそれがあり、日程の余裕が必要でもあります。

治安面については、最低限の注意を怠らなければ、心配しすぎる必要はありません。


マチュピチュ観光後にウユニに向かい、その後チリにぬけるツアーに参加するのも
選択肢として有効なのではないでしょうか。