シェムリアップからBKKだと問題は国境の通過時だけです。

BKKからシェムリアップに向かう逆ルートだと国境手前で頼む必要もないビザ代行取得を強要されてボッタクリに遭うとか、シェムリアップにわざと夜遅く（夜１0
時前後)着くようにして旅行者の自由な宿の選択を妨げたりでまるでベトナム人のえげつなさとどっこいの面がありますが、BKKに向かうならそんなことにはならなくてすむでしょう。

それとBKK行きのバスならキャピトルにこだわる必要はまったくないです。なぜならBKKに着いた後キャピトルのバスに乗ると何かその後いいことがあるかというと特に何もありません。サイゴンとプノンペン間、プノンペンとシェムリアップ間とかはキャピトルを利用しておくと何かと後々の旅行に便利ですけどシェムリアップからBKKへの移動ではこれといったメリットは何もないと思います。

まあしいて言えばキャピトルの宿に泊まっておけばキャピトルのバスのチケットが簡単に手配できることぐらいしか思い当たりません。
シェムリアップには世界中からゴマンと人が押し寄せゴマンと宿があり選ぶのは費用や好みでさまざまですからキャピトルの宿やバスを選ぶのはもともとその中の極一部の人ということになります。

私はシェムリアップでいつもオールドマーケット横の通りの角の旅行代理店でバスのチケットを手配していました（名前を忘れました）。ここだと外国人旅行者の利用も多く国境での出入国手続きの際も国境の向こう側でのバスの乗り換えの際も背が高く大柄の同乗の外国人の顔や姿格好をいくつか覚えておくと人が多くてもすぐ目だつので同乗の仲間にはぐれたり見失ったりあるいは国境の向こうで次のバスに乗り損ねたりの不安がなくなります。国境はいつも人でゴチャゴチャしていますからこれはかなり大事なことです。向こう側でタイ側のバスに乗り込めば後はまったく何の心配も無しです。