一部ですが

04,05,06.アマゾン2泊3日ツアー
05,06.イキトス～fly～リマ～fly～日本

１泊２日で十分ではないでしょうか。
ただ朝から船で上流に向かうとすれば前日にイキトスに入り１泊する
必要があります。
イキトスの町は小さく１～２時間もあれば隅から隅まで歩けるような所です。

もし私なら
４日リマ⇒イキトス　イキトス泊
５日イキトス・ツアー参加　アマゾン泊
６日イキトスに戻る、午後イキトス、もしフライトがあれば夕方～の便でリマに。
７日帰国便に

これが以下の日程ではスケジュール的に無理でしょう。

旅慣れた方なら臨機応変にスケジュールを変更しながら旅をすることも可能かと思いますが
何が起きるか判りません。
このスケジュールをこなせる自信がありますか？もう少しゆとりを持ったほうが
よろしいのではと思うのですが・・・・・