ビザ2つ

そんなこと無いと思います。

常識的にそんなこと無いと思います。国が違うので、他の国の発給したもので無効になるとは思えません。
無効になるなら、ビザのいる国に行く度に学生ビザを取りなおさなければいけないことになります。
マレーシアのビザ発給機関（移民局？）に確認されると確実でしょう。