来週ドイツへ行きます。

そうですね・・・

1）オンラインチェックインをした方が自分の希望の席を取りやすくはなるのでお勧めですが、別にしなくても当日カウンターでチェックインは可能です。ただし、その時には自分の希望する席は取られてる可能性が高いです。

2）もしかしてフランクフルト中央駅到着0:06のICEですか？
絶対大丈夫です。6分の為に1日分使う必要ありません。
検札はミュンヘン出発時ありますが、その後チェックしません。
（厳密には2日分必要ですが大丈夫です）

3）ユーロ紙幣は材質と透かしが新しくなってますが、イギリスと違って期限ありませんのでそのまま使えます。

フランクフルトに６泊！？

初めましてなかなか大変ですね、メッセか何かのお仕事でしょうか？
ミュンヘンに用事があるのでしたら日帰りにせずミュンヘンかフランクフルトの間にあるニュルンベルク辺りに宿泊すればいいのでは思いましたが事情があるものと察しています。

懸念されている事柄については、言ってしまえばさほど問題にならないと思います。

１．アシアナってリコンファーム必要なんですか？事前C/Iが24時間前ならそのころネットで登録すればよいと思いますよ。（フランクフルトの空港は一番のガンは税関と高い空港使用料です。）

２．パスを正しく使えば2日分必要だと思いますが、フランクフルト中央駅（HBF）など、改札無いし、夜中に検札するほど暇な駅員はいるかわかりませんし・・・・ま、早めに帰るようにすればダイジョブです。

３．ユーロ、問題なく使えると思いますよ。ただお店のレジもニセ札チェックしたり、１００ユーロとかだと高いから受け付けてくれなかったりしますのでそこはご注意と覚悟を。

ところで一番気になるのはフランクフルトHBF？に夜中に着くというところです。
駅近のホテルですか？治安等お気を付けください。
不安であれば間近のホテルのカフェ辺りでお茶でも飲んで、フロントでタクシー呼んで乗ってくださいね。
中央駅出て右行くとエクセルシオールホテルとかありますから。

パス1日分は24時まで有効。0時49分着などはもう1日分必要

＞帰りに最終のICEに乗るとフランクフルト着が0時を少し過ぎるようです。この場合パスは2日分必要になるのでしょうか。

パスの1日分は0～24時まで有効なので、2日分となります。
パスが1日分余るようでしたら、それでもいいいかと。
余らないなら、ミュンへン中央駅で23時59分までに着く駅（例23：52着）からフランクフルトまでの乗車券を別に購入してください。
パス2日分より安いでしょうから。
または、ミュンヘン滞在が多少短くなっても24時までにフランクに着く1本早い列車に乗ってください。
朝イチの列車に乗るなどの工夫をして。