ジュネーブからウイーン乗り換え観光

ご参考

GVA 10:10 OS572 11:50 VIE 17:45 OS51 11:55 NRT でしょうか。
GVAでCheck-inの際、GVA-VIEとVIE-NRTの２セクターの搭乗券が渡され預入れ荷物のPick-up pointはNRTです(Claim tagの”NRT”確認のこと)。GVA-VIEは国内線扱いで市内観光後出国の手順はSecurity check-出国審査-Gate-搭乗です。空港にはSTDの１時間前には到着していたいのとVIEに到着から自由の身になれるのに１５分は必要なので観光は実質的に4時間半となります。
STA(エンジン停止)11:50－12:05 空港出口　徒歩　12:15 Flughafen Wien Bahnhof 12:18/12:48 S7 所要25分 12:43/13:13 Wien Mitte　徒歩1分Landstraße　地下鉄U3-2駅 2分 Stephansplatz　140m 徒歩1分　13:00/13:30シュテファン大聖堂//
Wien Mitte 16:27 R 所要20分 16:47　Flughafen Wien Bahnhof　徒歩　16:55 Security check
https://www.oebb.at/en/
Have a nice trip!

ミッテ駅はチェックインができるだけ

はじめまして。
６時間あるといっても・・・到着時刻と実際飛行機から降りて空港外にでるまでは最低３０分はみなければいけないこと。
出発時刻と搭乗時刻は違うため、２時間前には空港にいたほうがいいこと。
を考えると、まず３時間はそれらで削られると思ったほうがいいかと思います。

空港から市街のMitteもしくはWienhauptbahnhofまで国鉄ででるなら３０分、CATででても１６分ほどかかりますが・・・
これらは本数が多いわけではないので片道一時間は余裕を見ておいたほうがいいと思います。（駅への移動も含めて）

なので、実際使えるのは１時間かと思います。
まぁ、一時間あればケルントナー通りを歩いてシュテファン寺院くらいならば観光できるかと思います。

さらにMitte駅のインタウンチェックインは、CATを使用するときにのみスターアライアンスの荷物を預けることができる。
だけであってチェックインの手続きはできても出国審査はもちろん空港で行います。（たんなるスターアライアンスのチェックインカウンターがあるだけ）

なので、空港についてから、ビジネスクラスやスターアライアンスゴールド出ない場合は、それなりの時間が保安検査にかかります。
多分、保安検査後にシェンゲン協定外に飛ぶゲート側にいって出国審査だと思います。
（私は帰国便で直行便使ったことがないので。。。でもスタアラの入り口は一箇所でそっからGとFに分かれるので
シェンゲン協定外はF側だったかと。。。）
また、スイスエアで成田までということは、直行便ではないのでは？？？
スイスエアはウィーンから成田便は出ていません。オーストリアエアラインならばでていますが。。。
この共同運行ならありえますが、スイスエアだとしたらチューリッヒ経由になるかと思います。

３時間も時間はない

まず、　１　はその通りウイーン空港でシェンゲン協定国域内出国です。

ウイーン空港駅まで空港ビルを歩いて２０分ぐらいです。ところで荷物は通しでしょうか。そうでないと荷物のピックアップに３０分かかります。
空港駅からＳ７の電車で、ウイーンミッテ駅まで３０分、電車の間隔はは３０分おき。先発電車が出てしまったすぐ後は３０分待つことになります。
ウイーンミッテ駅からＵバーンで旧市街中心まで５分、間隔は１０分程度。乗り換えに５分以上、初めてならば１０分はいる。
旧市街をせいぜい３０分程度散策して、空港へ戻らないと飛行機に乗り遅れます。一時間前にはチェックインをしないといけないでしょう。

帰りも１時間はかかる。

国際線は、空港駅から見て左側です。同一ビル内で両者１０～２０分程度で移動できます。

国際線のボーディングパスを持ってなかったら、乗る飛行機のチェックインカウンターでＥチケットを見せてチェックインし出国手続きをして帰国になります。すでに最初の空港で、帰国便のボーディングパスと、荷物が通しで、ウィーンで預け荷物のピックアップがない場合に時間ができるわけですが。

ウィーン空港の構内を熟知している、ウィーンの町も東西南北がすぐにわかる場合１～２時間の余裕があります。

はじめての場合、乗り継ぎの合間に町へ出ようなどと考えると帰国できなくなります。

お勧めはしません。