両替

やはり現地のATMで引き出し

日本円からドルまたはユーロ、さらにクーナの二重両替は手数料ばかり掛かります。
やはり現地に到着したらATMから直接現地通貨を引き出した方がよろしいのでは。
一度に多額というのはお止めになるべきです、あまり余って再両替も避けた方がよいです。

クロアチアクーナへの両替

どうせ成田で両替するのなら、米ドルよりはユーロにしておいたほうがいいと思いますよ。

旧市街には銀行も両替屋も有りますが、両替屋のほうが手数料を多めに取っていた記憶があります。
ドブロブニクで両替するとレートが悪いので、もしフランクフルトやミュンヘンの空港を経由していくのであればそちらでクロアチアクーナ（HRK）に両替しておいたほうが良いでしょう。

個人的にはATMでのキャッシングをお薦めします。二重に両替するよりはレートがいいはずです。