既にストップオーバー状態だと思うのですが?

他にもポストしてあったんですね。
他のポスト文面からするとストップオーバーの意味を間違えているか、
チケットの使い方を間違っている可能性もあります。

マニラ経由バンコク行きでマニラに滞在するという事は、
もう既にストップオーバーしている事になります。
(この場合はバンコクが最終寄港地になる訳ですから)

またこのチケットでマニラを単純往復しようとする事は、
マニラ-バンコク間のチケットを破棄しているわけですから、
それ以降の区間であるマニラ-関空間のチケットは使用する事は出来ません。