バガンでの滞在期間制限ってあるんですか？

気にする必要はありません。

入域料のチケットには、
Ｖａｌｉｄ　ｆｏｒ　ｆｉｖｅ　ｄａｙｓ　ｆｒｏｍ　ｄａｔｅ　ｏｆ　ｉｓｓｕｅ．
と書かれていますが、気にしなくていいと思います。

バガン滞在中、チェックされることはありません。

おそらく、宿でもチェックされないでしょう。

私がいつも泊まってるＧ.Ｈですが、ここ数年ノーチェックです。

先月もチェックなしでした。

軍事政権時代は、厳しくチェックされましたが、それは金を払ってるかどうかであって、
滞在日数は問われませんでした。

古い話ですが、１４年前にバガンに３週間滞在したことがありますが、問題なしでした。