バレたら大変です

> 普通は黙って済ませても判らないことなので、単純に良心的なんだと思いました。

どの金額について多く取り過ぎたか分かりませんが、後でバレたら大変な事になります。
黙って済ませて判らない可能性が100%というのは有り得ませんから。
企業としては、金額を多く取り過ぎたら、即時に対応するのが常識です。