１軒だけ開いているようです

http://www.hbf-berlin.de/site/berlin__hauptbahnhof/de/geschaefte/gastronomie/gastronomie.html

McConell GbR Obsttresen
サラダやジュースのお店です
場所は地上階（ＥＧ）、日本語で言う１階です
ただ、もしかしたら、店舗でなくてただのスタンドかもしれません
（少なくともほかの街の駅では）

５時半にほかの店が幾つかあくようです

http://www.mcdonalds.de/metanavigation/mcfinder/mcfinder.cfm#restaurantLink_4
によれば、同じ中央駅地上階のマクドナルドが２４時間営業らしいですが、
駅のホームページにはそう出ていないのです

もしこちらが閉まっていたら、アレクサンダープラッツ駅のマックが開いているようです
週末でしたら、Ｓバーンが２４時間走っているので、比較的楽に移動できると思います