チェスコビジヨビツエに寄るといいです

ウイーンは郊外を含めパリ、ローマ並みに見どころがあり、１週間が理想です。少なくともプラハの２倍はかけるといいかと。
６日目は朝一番で移動がいいかと。

チェスキーは半日でも見れます。入口のチェスコブジヨビツエも素晴らしいのでウイーンからかプラハへの途中に短時間でもいいから寄ってください。
旧市街の中央にある正方形の広場は中世のものとしては欧州最大級です。ブラックタワーから一望です。広場そばにバドワイザービールのルーツとなった有名な老舗ビアホールがあります。

よってウイーンからなら列車でチェスコビジヨビツエがベターです。その後バスでチェスキーへ。