参考になりました。

みなさんのご意見どおりに、マニラの空港で両替することにします。

やはり深夜という事もありマニラ市内に入るのも怖いし、次の朝Puerto Princesaへのフライト時間が8時頃
の便を予約するつもりなので、ホテルに行っても5時間程の滞在になるので空港もまだ新しく綺麗なようなので空港で仮眠をとることにしようかなと考えています。　
目的はUnderground Riverに行くことと、最後の秘境と言われているエルニド（とても小さな村）での美しい島々を周るアイランドホピングですので、マニラでの滞在は最終日（帰りの便の関係で）のみになりそうです。　皆様、ご回答ありがとうございました。