どうも良くわからないってどういうこと？

ポーランド国内の移動なんだから、ＰＫＰ（ポーランド国鉄）のサイトにきまってる。たんなる列車予約だけなら、英語でもできる。

http://pkp.pl/

Warszawa Centralna　と、Kraków Główny　とぶちこめば、すぐ出てくるだろ。直行の特急で２時間半くらい。ポーランド語がわからなくて心配なら、日本の旅行代理店に頼め。だいいち、１時間に１本と、本数の多い路線だから、べつに予約などいらないと思うが。