航空会社の問題であれば・・・

>今回はロスからメキシコの航空会社利用なんですが、ここがロストの常習犯だとかで・・・

チェックインカウンタで預けたほうが確実と言うのであれば・・(理由が良く判りませんが)、通関後トランジットに行かず、荷物を持って一旦出口を出て、件のメキシコ航空会社の窓口へ移動。

そこで荷物を預ければ良いと思いますが、荷物の行方を知らないので、違いがあるのかよくわかりませんね。

日本出発のとき、荷札の発行は問題なく乗り継ぎで最終目的地まで印刷しますよね。
8時間の待ち合わせが問題であれば・・・チェックインを早めに行っても同じことのような気もしますし・・・何とも言いがたいです。

>ひとまず旅行社からの最終案内がくるのを待ってみます。

それが一番でしょうね。
なぜトランジットの荷物再預けとチェックインで違いがあるのか確認されたほうが良いですよ。