基本は

　どのような航空券（ノーマルでも）であれ、予約された区間を搭乗しなければ、その先の予約記録はすべて取消されます。

　航空券が、日程変更やルート変更が可能であるなら　航空会社に連絡して記録を変更してもらう方法も無い訳ではないでしょう。

　ボストン/ニューヨークの放棄または日程を変更して、ニューヨークで途中降機の可不可を、航空会社に相談するしかないと思います。もちろん可能な場合、手数料が発生すると思います。