宿泊の候補は旧市街ではなかったのですね。

旧市街と駅あるいはサンタ・マリア・デリ・アンジェリ教会との間は５Km程度ですから、実は歩こうと思って歩けない距離ではありません。
ホテルに関しては、効率良く回るということだけを考えた場合には駅～サンタ・マリア・デリ・アンジェリ教会周辺でも良いとは思います。

ただ、可能であれば旧市街のウニタディタリア広場（聖フランチェスコ聖堂最寄のバス停）から近いホテルに宿泊されることをお勧めします。
なぜかと言えば、聖フランチェスコ聖堂は夜のライトアップも綺麗ですし、下堂は朝６時半から開いているので、近くに宿泊していれば朝食前に散歩がてらフランチェスコの墓所にお参りしたりということも出来るからです。
もし効率良く回るということだけを考えるなら、聖フランチェスコ聖堂近くというのは決してお勧めの場所とは言い難い部分があります。
しかしながら、夜明け前後、朝靄の中に浮かび上がる聖フランチェスコ聖堂の姿や朝日に照らされてバラ色に輝くファサードなどというものは、近くに宿泊していればこそ目にすることが出来るもので、旧市街に行くにはわざわざバスに乗る必要があるような場所の宿泊となれば、なかなかこうはいきません。
さらに、昼間は観光バスでやってくる日帰りの観光客がアッシジの街中にあふれますが、宿泊するのは巡礼者や敬虔な信者、あるいはフランチェスコに深く傾倒している人が多く、早朝の聖堂では、巡礼者のミサが行われるなど、昼間のガイド付きツアーの喧騒がまるで嘘のように静謐な時間が流れています。せっかくアッシジに宿泊するのなら、真摯な祈りの場としての聖堂の姿も見ておくことをお勧めします。

私の定宿は、三つ星のウィンザー・サヴォイア（Windsor Savoia）ですが、予算的に難しいでしょうか？
部屋の窓を開け放って眼下にウンブリア平原を眺めながら、地元のルンガロッティというワイナリーの微発泡の白ワインを飲むのも私にとってはアッシジの旅の楽しみのひとつです。
いつ頃行かれるのかわかりませんが、宿泊予定日に空きがあれば予約サイトの直前予約などでかなりお安く泊まれることもあります。
あるいは空きがあればですが、この近くのホテルベルティ（Hotel Berti）も二つ星ではありますがなかなかの超人気ホテルです。