公共機関で問題ないと思いますよ。

5月にベルリンへ行ってきました。
夜22時頃Flughafen Tegelに到着し、空港バスで中央駅まで行き、Sバーン乗り継ぎで
ホテルまで行きました。（私の場合はAnhalter Bahnhofです）
中央駅乗り継ぎで少し戸惑いました（広くて）が、道を尋ねると誰もが親切に教えてくれました。
駅からホテルまで、確かに夜道は暗いですが、大通り沿いを歩くようにすれば
明るさもあり、変な人も歩いていませんでした。
公共機関で問題ないと思います。
空港バスは頻発していて、料金は乗るときにドライバーに支払いました。

ドイツは交通網がとても発達していて便利。
長距離移動はICEでしょうか？
座席予約されている席は、席の上に赤ランプがついていますので空席でもそのランプが
ついている席は途中で誰かが乗ってくる、という意味です。
なので、ランプのついていない席を探して座っていれば出たり入ったりしなくて済みます。
心配であれば席予約をしてください。
私は席予約一切せず、ドイツ国内を鉄道で周りました。

長々すみませんでした。
楽しいご旅行を！