Agodaに限らず、特定のホテルに限らず

宿泊する部屋によっては、人数によって、エキストラベッドの利用が必須になります。
海外のホテルの多くが部屋数で料金を支払うのですから、エキストラベッドの利用が選択自由な場合、極端なケースでは、大人1人子供10人エキストラベッド無しなんて事をやられてしまうでしょう。
また、キャンセル・ポリシーについても、申し込み時点でキャンセル料が発生してしまうのは、他でも有り得る話です。
また、法律の点でも、日本の法律が通用しないサイトも存在する訳です。

少し試してみましたが、部屋のタイプと2歳以上の子供を含めた人数によってはエキストラベッドが自動選択されたりしますが、その場合は、多分、クレジットカード入力画面で、総額が既に変更になっておりました。
Agodaは、キャンセル・ポリシーが他に比べて厳しいとは思いますが、システム上の瑕疵は存在し無さそうなので難しいと思います。
今後も旅行される事はあると思いますので、次からは、必ず、キャンセルポリシーについては確認されてから、利用するようにすべきでしょう。