別々に購入した航空券の場合

両社に連絡

基本と言うか契約上は乗り遅れたらアウトです。

ただしコンピューターではなく人間のやることなので温情と言うか厚意で変更してもらえる事もあります。
私は何度もありますと言うか1回を除き変更して貰っています。
駄目だったのは今は亡きZRHでのSRでしかもSR→SRの別切りで、当時SRのエリートメンバーでした。
駄目で元々と思いカウンターで事情を話すと相手の方から変更してくれます。
到着便の搭乗券を要求され電話で到着便の航空会社に遅れを確認され｢遅れたのは貴方には責任じゃないから｣と言って変更してくれました。
当日便に私の予約クラスに空きが無く翌日便に変更してスタンバイを勧められエリートメンバーなので大丈夫だろうと言われましたが、断り翌日乗りました。


別切りはアライアンスは一切関係ありません。
コードシェアも。


利用する両社に事前に連絡して乗継情報をコンピューターに登録した方が良いです。
SQ等一部の航空会社は自社webサイトで別切りの他社便の情報も表示され、チェックインカウンターでもスムーズです。
今回アメリカ国内線のみの利用だと預ける荷物は有料ですが国際線からだと無料になるので。

振替など全くありません。

別切り他社航空券の振り替えなど全くありません。

私もANAとAAの組み合わせでLAXやJFKから乗り継ぎ時間3時間弱ぐらいアメリカ国内に飛んでいます。

成田でチェックインの際の手荷物についてはANAとAAにおいては手荷物協定があるのでオ－ランドまでのタグは付けて貰えます。

ただLAXにて預け手荷物をいったん引き取って税関審査を通し、直ぐ近くの再預け手荷物にコーナ－に預け直します。
特にLAXのトム・ブラットレ－とタ－ミナル4(AAのタ－ミナル)は隣同士なので急げば3分で行けます。

乗り継ぎ時間5時間あればANAが欠航さえしなければ乗り継ぎには問題はないと思いますが。

幸いなことに今まで一度も乗り継げなかったことはないのですが、ラッキ－だったのかな。

航空会社はグループを組んでいます

何社も組んでいる共同運航便がが多く出ています。

すごいのでは４社というのまでありますのでそれをできるだけ多く選びましょう。

成功を祈る！

私ならANAからUAに乗る便も買います。

午前11時前後に成田発でワシントンD.C.／シカゴ／ヒューストンへそれぞれ向かうANAがあるのでその内の安いのを選びます。混み具合で差が出るので。その先、14時台あたりにオーランドへ到着するユナイテッドに乗り換えます。

帰りはカンクン午前7時発なんかで、乗り換えた太平洋上もユナイテッドの提携便、は出来れば避けたいので前日明るい内にユナイテッドでヒューストンへ行ってそこで泊まります。
そうすると翌11:20発のANA機で成田に翌15:20着。
１.と４.は、こういう時間帯が良くて高くならないのを私ならANAから買うと思う。
（４.は17:30カンクン発でL.A.乗り換えもあるけど調べた日だと数万円高かった。その日の混み具合で変わりますからね。日によってはそれもいいでしょうがそちらのほうが混んでいて高いかもね）

Re:別々に購入した航空券の場合

>別々に購入かつ他アライアンスの場合、1のANA便に遅延があり2の飛行機に間に合わなかった場合、他便への振替などの保証はあるのでしょうか？

航空券の効力上は、同じ航空会社、同じアライアンスの場合でも何等の保証もありません。
いわゆる通しの航空券であれば、違う航空会社、違うアライアンスの場合でも、乗れなかった後乗便より後の便での目的地までの輸送と、航空会社が定めている、待ち時間中のサポートを受けることができます。

別切で乗り遅れた場合、規定上は後乗便の航空券は紙切れ同様となりますが、現実には後の便で目的地まで送ってもらえることが珍しくありません。この扱いはあくまでも航空会社の好意によるものであり、旅行者から請求できるものではありません。

無いです

　別切りの場合、1は1の運送の責任をまっとうすればよく、2は2の責任のみをまっとうすればよいので、1の遅れによる2への乗り継ぎ失敗に対し1は責任を持ちません。その場合、2にとっては「時間までに現れなかった」で終わりで振り替えなどはありません。
　1は2へ乗り継ぐことを（航空券の券面上、、、と言っても実際は電子データですが）知らないし、2は1からの乗り継であることを（航空券の券面上）知らないので当然と言えば当然ですよね。

　国際運送約款にザッを目を通されてみてはいかがでしょう。ANAのサイトだと以下です。
　航空会社はこの範囲で責任を果たします。

　　　　https://www.ana.co.jp/siteinfo/international/conditions-of-carriage/

ない

時間がないので、これだけ。
このあと山のように回答が続くでしょう。